Основното училиште „Јан Амос Коменски“ е основано во далечната 1933 година кое во тоа време го носело името „Цар Душан“. Во него учеле ученици од  I – IV одд., а за прв директор на училиштето е избран Никола Поповиќ.

За време на окупацијата на Македонија во времето на Втората светска војна, училиштето е преименувано во „Кнез Симеон Трновски“, а со доаѓањето на Германците во Скопје, училиштето е претворено во болница додека наставата била прекината, а учениците распуштени. По ослободувањето на Скопје во 1944 година училиштето е возобновено и започнува со работа под името „Гоце Делчев“. Училиштето работи како основно четиригодишно а од учебната 1950/51 година и како основно осумгодишно. Поради големиот број на ученици училиштето работи во четири смени, а набргу било поделено на две училишта „Гоце Делчев I“  и  „Гоце Делчев II“.  Од 1957/58 година училиштето „Гоце Делчев II“ започнува со работа под името „Владимир Илич Ленин“.

По катастрофалниот земјотрес во Скопје училиштето „Гоце Делчев I“  е сместено во нов монтажен објект како подарок од народот и владата на тогашна Република Чехословачка кога го добива и новото име кое го носи и денес „Јан Амос Коменски“. На 27 април 1964 година на свечен начин и со пригодна манифестација беше предадено во употреба новото основно училиште „Јан Амос Коменски“ кое со успех работи на образованието,  воспитувањето и издигнувањето на младите генерации, давајќи своевиден придонес во нивното натамошно школување и вклучување во сите сфери на општественото живеење.